Hola
La tos es de las cosas que mas nerviosa ponen, y pueden durar una eternidad, yo la volvería a llevar al pediatra y le diría que los supositorios no le van, a ver si te puede recetar otra cosa.
Y como remedios caseros, pon el humidificador un rato antes de acostarla, para que dormiera semi-inclinada yo te ponía un cojin bajo el colchon, la media cebolla y si ves que tiene mocos hazle un lavado nasal. Yo lo hacía todo a la vez, y así la pobre podía dormir medio tranquila porque a veces le daban unos ataques de tos que hasta vomitaba sin querer, había noches que la tos era tan continua que pasabamos la noche sentadas en un sillón yo con ella en brazos porque no paraba de toser en horas. También me dijeron que cuando de diera mucha tos a media noche y no consiguiera que se le pasara que la sacara al balcon bien abrigada para que respirara el aire fresco, pero esto no llegue a hacerlo nunca, asi que no se si funciona.
Espero que algo de esto te sirva.
Besos