A mi me pasó,
pero tuve la suerte de que el niño tenía ya seis meses; así que, empecé con la cuchara, y ya no ha vuelto a tomar más biberones.
Lo malo de tu bebé es que tiene sólo tres meses, entonces no queda más remedio que el tomar biberón.
Yo estaría un par de días o tres sin obligarle, que tome lo que quiera, a ver si así, se le pasa; si ves que en dos o tres días sigue igual, llévale al pediatra para que descarte algún tipo de problema (que le duela la garganta y le moleste al tragar, etc.).