A ver, dice lo siguiente que no podrán inscribirse nombres diminutivos ni variantes familiares A MENOS QUE HAYAN ALCANZADO SUSTANTIVIDAD. Debe ser que Pepa ha alcanzado sustantividad, no se yo. Por lo tanto: no podrías poner Nacho salvo que se considere que el nombre ha alcanzado sustantividad, es decir que se ve más como un nombre que como un apelativo familiar.

Yo que tu buscaría resoluciones del registro civil o algo así, a ver si hay algún caso.

Te transcribo la ley:
CAPÍTULO III



Del nombre y apellidos



53. Las personas son designadas por su nombre y apellidos, paterno y materno, que la Ley ampara frente a todos.



54. En la inscripción se expresará el nombre que se da al nacido, si bien no podrá consignarse más de un nombre compuesto, ni más de dos simples.

Quedan prohibidos los nombres que objetivamente perjudiquen a la persona, así como los diminutivos o variantes familiares y coloquiales que no hayan alcanzado sustantividad, los que hagan confusa la identificación y los que induzcan en su conjunto a error en cuanto al sexo.

No puede imponerse al nacido nombre que ostente uno de sus hermanos, a no ser que hubiera fallecido, así como tampoco su traducción usual a otra lengua.

A petición del interesado o de su representante legal, el encargado del Registro Sustituirá el nombre propio de aquél por su equivalente onomástico en cualquiera de las lenguas españolas.

TE paso también una posible argumentación:

"El juez concluye el auto apuntando que si la Dirección General de Registros y el Notariado ha aceptado diminutivos como Lola existen las mismas razones para admitir el nombre de Pepa, que ha dejado de ser un calificativo familiar o coloquial para transformarse con toda dignidad personal y social en un nombre tan válido como el que deriva de José.

Al parecer hay una Resolución de la Dirección General del Registros y Notariado de octubre de 2000 (saldrá por google), que dicen que no se puede poner Nacho porque en Asturias significa "Chato" o algo así.

Así que tocaría luchar por el nombre.