Sin duda, sí.
Hola! Las pastillas anticonceptivas van a alterarte tus ciclos hormonales naturales, para así controlarlos. Mancharás los días que dejes de tomar la pastilla, mientras que cuando la tomes todo estará controlado. Por lo tanto, la alteración hormonal va a estar presente.
Yo, que soy partidiaria de que la naturaleza del cuerpo es lo suficientemente sabia como para advertirnos de peligros, y señalarnos puntos en los que centrar la atención; creo que esos manchados son una "defensa" del cuerpo ante ese "ataque" hormonal. Es algo antinatural que le estás imponiendo a tu cuerpo, por lo que al principio puede "rebelarse". Si sigues con las pastillas, imagino que lo terminarás domando y no tendrás pérdidas ni flujo marrón, salvo los días que no tomes las pastillas.
Un saludo!