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Un ciclo siempre empieza el primer día de la regla, debes contar desde ahí, da igual que te tocara otro día, el que cuenta es el día que baja. No te agobies, si en vez de 28-29 días tu ciclo ahora tiene 31 tampoco es un cambio tan grande, piensa que el cuerpo no es un reloj y lo que comentas entra dentro de la normalidad.
Para calcular la ovulación: si el ciclo ahora es de 31 días, la ovulación será (siempre aproximadamente) alrededor del día 17 del ciclo.