Tranquila
Primero, no es del todo seguro que un quiste de chocolate siempre sea de endometriosis; puede serlo, pero no estoy segura de que siempre sea así; lo mejor es que le preguntes a tu ginecólogo si es tu caso o no. Segundo, aunque tuvieras endometriosis (que es una enfermedad benigna), tampoco tienes por qué tener ningún problema para quedarte embarazada; de hecho la mayoría de mujeres que lo tienen lo consiguen, lo que pasa es que los casos difíciles siempre se leen más por internet busquemos lo que busquemos. Lo mejor es que hables con tu ginecólogo y le preguntes sobre tus posibilidades de quedarte teniendo el quiste; y si él/ella decide extirpárlo, entonces no tienes que preocuparte, que al no estar ahí ya lo más probable es que no tengas problemas.
Yo te aconsejaría que llamaras por teléfono a tu ginecólogo y le preguntaras sobre lo que te diagnosticó y lo que te preocupa; en un momento te resolverá la duda y te vas a quedar mucho más tranquila...
Un besito y ya nos contarás