Pierdo vacaciones

La empresa me ha readmitido, tras no renovarme mi contrato por estar embarazada en junio. La empresa ha cerrado 14 días en agosto, durante el periodo en el que a mí se me pagan los salarios de tramitación y posteriormente, a partir del 7 de septiembre empiezo a cobrar mi baja por maternidad.
Se puede considerar que yo haya disfrutado mis vacaciones durante el tiempo de los salarios de tramitación?
La empresa me ha dicho que sí que las puedo disfrutar (como habíamos acordado en marzo) al finalizar mi baja, pero que me las descuentan de la nómina de enero, es esto legal?
Gracias, un saludo