Pues..
La pildora te protege bastante (de 92% - 99.7%) siempre y cuando la tomes correctamente (a sus horas, regularmente, sin substancias q disminuyan su efectividad, y sin dejar mas de 7 dias de descanso o placebo), sin embargo tu organismo influye tambien. Tu riesgo en realidad es de 0.03% a 8% tomandola correctamente.
Cuando dices "problemas estomacales" a q te refieres exactamente? nauseas, estomago flojo, estrenimiento?
En realidad aqui no te puedo dar ningun tipo de diagnostico porq 1)no soy medico y 2)por internet es imposible, asi que te puedo dar un consejo y cierta informacion, pero no decirte exactamente q es lo q tienes.
La menstruacion si puede venir en el embarazo durante los primeros 4 meses por lo general (algunas personas dicen que en realidad no es "menstruacion" pero basicamente es el sangrado puede ser menos q lo usual o lo de siempre). Ahora, si se trata de un sangraod abundante (y quiza acompanado de dolores abdominales, eso puede ser senal de perdida).
Mi consejo es que si de todas maneras sientes algo "q no esta bien" en tu cuerpo o cualquier problema, vayas al medico para q te diagnostique. No necesariamente tiene q ser un embarazo, lo mejor es descartar, asi que ve.
Espero haberte ayudado.
Mucha suerte 
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